org.utgenome.shell
クラス UTGBShellCommand

java.lang.Object
  上位を拡張 org.utgenome.core.cui.UTGBCommandBase
      上位を拡張 org.utgenome.shell.UTGBShellCommandBase
          上位を拡張 org.utgenome.shell.UTGBShellCommand
すべての実装されたインタフェース:
Comparable<org.xerial.util.opt.Command>, org.xerial.util.opt.Command
直系の既知のサブクラス:
AddAction, Clean, Compile, Create, Deploy, Eclipse, FastqRename, FastqToFasta, FastqToSAM, GWT, GWTCompile, Illumina2Fastq, Import, Keyword, Maven, Pack, QSeqToFastq, Repair, Sam2Wig, SAMToFastq, Sequence, Server, SVNAdd, Upgrade

public abstract class UTGBShellCommand
extends UTGBShellCommandBase
implements Comparable<org.xerial.util.opt.Command>

A base implementation of the UTGBShell's sub commands

作成者:
leo

フィールドの概要
static String APP_FOLDER
           
static String EXPLODED_WEBAPP_DIR
           
static String SRC_FOLDER
           
static String WEBAPP_FOLDER
           
 
クラス org.utgenome.shell.UTGBShellCommandBase から継承されたフィールド
globalOption
 
コンストラクタの概要
UTGBShellCommand()
           
 
メソッドの概要
 int compareTo(org.xerial.util.opt.Command o)
           
 void createContextXML(String contextPath, String projectRoot, boolean reloadable)
           
 void createFileFromTemplate(Class<?> baseClass, String templateFilePath, String relativePathOfTarget, Properties prop)
           
static void createFileFromTemplate(Class<?> baseClass, String templateFilePath, String projectFolder, String relativePathOfTarget, Properties prop, boolean overWrite)
           
abstract  void execute(String[] args)
           
 void execute(UTGBShell.UTGBShellOption opt, String[] args)
           
 File getConfigFile()
           
 URL getHelpMessageResource()
           
 File getObsolteConfigurationFile()
           
 String getOneLineDescription()
           
abstract  String getOneLinerDescription()
           
 Object getOptionHolder()
           
static String getPath(File f)
           
 File getProjectResourcePath(String relativePathFromTheProjectRoot)
           
 File getProjectRoot()
           
 boolean isInProjectRoot()
           
 UTGBConfig loadUTGBConfig()
           
 void maven(String commandLine)
           
 void maven(String commandLine, Properties systemProperties)
           
abstract  String name()
           
 
クラス org.utgenome.shell.UTGBShellCommandBase から継承されたメソッド
execute
 
クラス java.lang.Object から継承されたメソッド
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait
 

フィールドの詳細

APP_FOLDER

public static final String APP_FOLDER
関連項目:
定数フィールド値

SRC_FOLDER

public static final String SRC_FOLDER
関連項目:
定数フィールド値

WEBAPP_FOLDER

public static final String WEBAPP_FOLDER
関連項目:
定数フィールド値

EXPLODED_WEBAPP_DIR

public static final String EXPLODED_WEBAPP_DIR
関連項目:
定数フィールド値
コンストラクタの詳細

UTGBShellCommand

public UTGBShellCommand()
メソッドの詳細

name

public abstract String name()
定義:
インタフェース org.xerial.util.opt.Command 内の name
定義:
クラス UTGBCommandBase 内の name

execute

public void execute(UTGBShell.UTGBShellOption opt,
                    String[] args)
             throws Exception
例外:
Exception

execute

public abstract void execute(String[] args)
                      throws Exception
定義:
インタフェース org.xerial.util.opt.Command 内の execute
定義:
クラス UTGBCommandBase 内の execute
例外:
Exception

getHelpMessageResource

public URL getHelpMessageResource()
定義:
インタフェース org.xerial.util.opt.Command 内の getHelpMessageResource
オーバーライド:
クラス UTGBCommandBase 内の getHelpMessageResource

getOneLineDescription

public String getOneLineDescription()
定義:
インタフェース org.xerial.util.opt.Command 内の getOneLineDescription
定義:
クラス UTGBCommandBase 内の getOneLineDescription

getOneLinerDescription

public abstract String getOneLinerDescription()

getOptionHolder

public Object getOptionHolder()
定義:
インタフェース org.xerial.util.opt.Command 内の getOptionHolder
オーバーライド:
クラス UTGBCommandBase 内の getOptionHolder

getProjectRoot

public File getProjectRoot()

isInProjectRoot

public boolean isInProjectRoot()

getProjectResourcePath

public File getProjectResourcePath(String relativePathFromTheProjectRoot)

getConfigFile

public File getConfigFile()

getObsolteConfigurationFile

public File getObsolteConfigurationFile()

maven

public void maven(String commandLine)
           throws UTGBShellException
例外:
UTGBShellException

maven

public void maven(String commandLine,
                  Properties systemProperties)
           throws UTGBShellException
例外:
UTGBShellException

loadUTGBConfig

public UTGBConfig loadUTGBConfig()
                          throws UTGBShellException
例外:
UTGBShellException

compareTo

public int compareTo(org.xerial.util.opt.Command o)
定義:
インタフェース Comparable<org.xerial.util.opt.Command> 内の compareTo

getPath

public static String getPath(File f)

createContextXML

public void createContextXML(String contextPath,
                             String projectRoot,
                             boolean reloadable)
                      throws UTGBShellException
例外:
UTGBShellException

createFileFromTemplate

public void createFileFromTemplate(Class<?> baseClass,
                                   String templateFilePath,
                                   String relativePathOfTarget,
                                   Properties prop)
                            throws UTGBShellException
例外:
UTGBShellException

createFileFromTemplate

public static void createFileFromTemplate(Class<?> baseClass,
                                          String templateFilePath,
                                          String projectFolder,
                                          String relativePathOfTarget,
                                          Properties prop,
                                          boolean overWrite)
                                   throws UTGBShellException
例外:
UTGBShellException


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